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La prueba TaqPath COVID-19 puede ser útil en la detección inicial de una nueva variante

Tras confirmarse la llegada de la variante Ómicron a la región, el kit TaqPath COVID-19 CE-IVD RT-PCR de Thermo Fisher Scientific, empresa mundial y líder al servicio de la ciencia, ya confirmó su eficiencia. Basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), ante la nueva variante, mantuvo la precisión técnica de los resultados de COVID-19 realizados con estas pruebas.

La cepa Ómicron, que adquirió estatus de “variante de preocupación” por la Organización Mundial de la Salud (OMS), tiene más de 30 mutaciones en la proteína de spike o espiga. La evidencia preliminar sugiere un mayor riesgo de transmisión en comparación con otras variantes conocidas.

Tanto la OMS como los Centros Europeos para el Control de Enfermedades han informado que utilizaron una característica específica de algunas pruebas de PCR llamada “falla del gen S” (SGTF) o “Drop-out del gen S” que ayudó en la identificación rápida de la variante Ómicron.

Los tests PCR con esta característica técnica servirían como una herramienta útil en la detección inmediata, incluso si está pendiente la confirmación mediante secuenciación del genoma viral. Los ensayos TaqPath COVID-19 están diseñados para detectar infecciones por SARS-CoV-2 identificando tres genes objetivos de las regiones orf1a/b, S y N del virus. Este enfoque de múltiples genes permite que la prueba proporcione resultados con mayor precisión, incluso en el caso de que uno de los blancos se vea afectado por alguna posible mutación, que es el caso de la variante Ómicron.

Esta posee la mutación 69-70 del del gen S, identificada por primera vez como una mutación de la variante Alfa. La presencia de esta mutación causa el “fallo del gen S” en los resultados de la prueba TaqPath, lo que puede sugerir a los investigadores y profesionales de la salud que la infección en cuestión puede deberse a la variante Ómicron. A continuación, debe realizarse la confirmación final secuenciando la muestra y/o utilizando ensayos que permitan genotipar el virus y detectar mutaciones asociadas a Ómicron.

“La prueba de Thermo Fisher nos permitió detectar casos que podrían contener la nueva variante, identificando muestras con falla del gen S”, dijo Tulio de Oliveira, director del Centro de Innovación y Respuesta a Epidemias (CERI) de la Universidad de Stellenbosch y UKZN, en Sudáfrica. “Esta identificación temprana es muy importante para ayudarnos a rastrear y comprender la propagación de la variante omicrón en Sudáfrica y en todo el mundo”.

Se están desarrollando ensayos de genotipado específicos para detectar la variante Ómicron para el Panel de Mutaciones TaqMan de Thermo Fisher. El panel, que actualmente se utiliza con fines de investigación, ya tiene un menú de más de 50 ensayos para evaluar los casos confirmados de COVID-19 para detectar la presencia de variantes y mutaciones conocidas.

Hoy, podemos recomendar el uso de los ensayos K417N y P681H, que si bien, no son mutaciones específicas para Ómicron, pueden servir para generar sospechas de muestras Ómicron como un screnning previo a la secuenciación. La mutación K417N ha sido descrita anteriormente en variante Beta y en algunos sub-linajes Delta, mientras que la mutación P681H está presente en variante Alfa y variante Mu, pero la combinación de ambas mutaciones estaría presente en Ómicron.

Thermo Fisher se compromete a respaldar la respuesta mundial a la pandemia mediante el seguimiento de las nuevas variantes del SARS-CoV-2 y el desarrollo de soluciones de prueba innovadoras, adaptables y coherentes. Este trabajo ayuda a rastrear y posteriormente limitar la propagación de COVID-19, lo que ayuda a las comunidades a mantenerse saludables.

El kit TaqPath COVID-19 CE-IVD RT PCR se lanzó en marzo de 2020 y la versión 2.0 se lanzó en junio de 2021.